1、Using Javascript eval Method。
2、using a veriables save object "this" reference.
3、in innerHTML, we can using String to pass the prototype Method。

e.g.

<SCRIPT LANGUAGE="JavaScript">
<!--
function myClass(instanceName)
{
 this.instanceName = instanceName;
 this.instance = this;
 return this;
};
myClass.prototype.toAlert=function()
{
 eval(this.instanceName).callback(); // the first method to call prototype function.
 this.instance.callback(); // the second method to call prototype function.

 // the third method to call prototype function.
 document.write("<a href='javascript:void(0);' onclick='" + this.instanceName + ".callback();'>instance call prototype function.</a>")
};
myClass.prototype.callback=function()
{
 alert("blueDestiny, never-online");
};
var a = new myClass("a");
a.toAlert();
//-->
</SCRIPT>